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东京召开首脑会议,地点是东京湾的新设施「Edge of Ocean」。这是一座,会议举办的5月1日当天,将动用2万2千人警方人员的超巨大设施。然而不料某天,竟发生了突如其来的大规模爆炸事件!其中,出现了能够掌控全国公安警察的警察厅隐秘组织——通称「ZERO」组织的成员安室透的身影。为何不在会议当天,而选择在会议之前引爆呢?以及安室背地里诡异的行为,让柯南感到情况蹊跷不已。这时,现场证物上留下的指纹,难道与过去所属警视厅的毛利小五郎的指纹相吻合!其中到底有什么阴谋?围绕逮捕小五郎,柯南和安室展开了交战。安室透那个谜一般的存在,怎么讲是敌是友?「极秘任务」的倒计时,现在差不多无声无息地开始了——