4月2日，全新的游戏王动画始动！讲述18岁新主角集齐6（原五张）龙卡的全新故事！　 　　武藤游戏的时代数十年后的童实野町，演变成了阶级社会的以后都市——新童实野市。主人公不动游星驾驶着决斗盘的进化型D轮摩托以从下层区到上层区为目标奔驰。　 　　以夺走对自己和朋友专门重要的卡星尘龙的为所欲为的竞敌·骑乘决斗的冠军人物杰克·阿特拉斯所在的决斗竞技场为目标，终于游星和杰克对峙了。怀着各自的坚决信念的他俩的王牌怪兽——星尘龙与真红魔龙展开激烈冲突！在二龙之战中突然出现的奇妙红龙，让游星的手臂出现出了龙之印。由龙之印所引导的各自的命运在这一刻开始了。到底为朋友而战的游星前面等待着他的会是什么？龙之印所带来的到底又是什么呢？ 　　时代是游戏王GX后的几十年。 　　决斗盘进化！骑乘决斗大为流行！ 　　在5D'S的时代，结合了摩托竞速与卡片游戏的竞技骑乘决斗，以骑乘型最新决斗盘D轮进行的高速感决斗十分流行，让观众也跟着狂热起来！新怪兽陆续登场！新动画因此也是充满各种决斗场面！ 　　从没见过的怪兽们正极度活跃之中。 　　游戏王5D’S的卡片也有所不同了： 　　新规则中白色同调怪兽卡追加！ 　　这次的新规则中添加了一种名为同调怪兽的白色卡片，能力：放在额外卡组，假如场上的对应协调怪兽和其他怪兽的等级合计与同步怪兽的等级吻合能够专门呼唤。　　卫星区篇　　以武藤游戏所在时代数十年后的童实野市为舞台。那时的童实野市被称为“新童实野市”，是一个依照身份高低分为上层地带和下层地带的阶级社会，流行着使用被称为“D轮（D Wheel）”的摩托车型决斗盘决斗的“骑乘决斗（Riding Duel）”。　不动游星在新童实野市的下层地带“卫星区（Satellite）”中与同伴们一起生活着。因被对手——骑乘决斗的KING“杰克·亚特拉斯”偷走了自己最重要的卡“星尘龙（Stardust Dragon）”，为了把它夺回，游星逃出了卫星区。　　Duel of Fortune Cup篇　　再会后的游星与杰克在Stadium进行了骑乘决斗。在白热化的战斗展开途中，两人的手臂突然出现了印记，最后伴随着双方的王牌龙互相攻击，奇妙的红龙出现了。得知此事的治安维持局长官雷克斯，将游星的同伴捉走作为人质，强迫他参加优胜者能够获得向KING杰克的挑战权的“Duel of Fortune Cup”大赛。在那个大赛里被雷克斯吸引过来的游星、超能力决斗者十六夜亚纪、天才决斗女孩龙可、还有杰克4人、都觉醒为“红龙的龙印者”，最后获得优胜的游星在与杰克的决斗中获得了胜利，成为了新的决斗王。　　暗印者篇　　原来Fortune Cup是歌得温为了集合龙印者所举办。另一方面，一群名为“暗印者”的决斗者差不多蠢蠢欲动，他们能够展开会令决斗者受到真实损害的“黑暗决斗”，以及使用一种叫“黑暗同步”的新战法，以及在背后操纵他们的“地缚神”。游星以建筑连接卫星区和都市区的代达罗斯桥为条件，前往卫星区阻止“暗印者”的打算。　　WRGP篇　　与“暗印者”之战半年后，连接卫星区和都市区的桥梁终于完成，彼此的界线总算消逝。全市还建筑了大量专为骑乘决斗而设的高速公路，还开发了高速世界2取代往常的高速世界，世界大赛“WRGP”开幕在即，游星等人组成“5D'S队“参赛。然而，新的威胁差不多悄悄地来临——奇妙组织“太一”的三皇帝出现，使用能够汲取同步怪兽的“机皇帝”欲图毁灭童实野市，市区上空不时出现不祥的黑影。双方在大赛决战相遇，这场战斗的胜负将决定童实野市的存亡。　　弧线摇篮篇　　尽管阿波利亚被打败，带来毁灭的黑影正体”弧线摇篮“依旧出现了，童实野市危在旦夕。而主使这一切的”Z-ONE（忘-我）“也终于浮出水面，来自被破灭以后的他要毁灭灾祸的肇源童实野市改变以后。游星等人不能认同他的做法，登上”弧线摇篮“与”Z-ONE“展开最后的决战。最终，Z-ONE被游星击败，弧线摇篮消逝，游星挽救了童实野市，平安归来。　　后日谈　　Z-ONE被打败数年后游星等人的故事。　　副注　　现在看到的故事剧情是在Z-ONE介入改变历史后的情况。原本的历史到暗印者确实是最终BOSS，没有WRGP存在。之后游星与同伴参加各种国际大赛，在不断的磨炼中领悟“CLEAR MIND”、加速同步、三角加速同步，成为将人类领向进化新时代的传奇人物。但在以后人类因为过快进化滥用同步而恶欲膨涨，招来毁灭。Z-ONE为改变介入了过去改变了历史，故事才有了现在的情况。