正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文(大澄贤也),遇到了突然出现的蓝光,受发光体的阻碍,导致遗传因子标准的变质,变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后,他(THE ONE)从防卫厅内的专门机关BCST(对生物工程学的研究机关)的监视下逃走,从此就没了音训。 另一方面,航空自卫队F15J飞行员真木舜一(不所哲也),为了多点时刻陪伴患有先天性疾病的亲小孩继梦决定辞去官职。在最后一次飞行中真木与“红色发光体”在空中相遇。这是the one事件后3个月发生的情况。然而真木奇迹般地生还,然后转职成为了民航机飞行员,展开了新生活。对如此的真木依旧有机关特不关注,尤其是BCST中的化学担当官水原沙罗,BCST将真木强制带走,在废工厂中搭建的BCST研究室进行躯体上的监视。现在行踪不明的怪兽THE ONE像被某种东西吸引而回来了。遭受THE ONE攻击而濒死的真木,躯体发生了变化,在红色光球的力量之下变身了!变成身高10M拥有银色光芒的钢铁躯体型态,偶而还有自己意志的真木,跟THE ONE展开作战,然而因为变身不完全,能量快速消耗,在遭到决定性的一击后变回了真木舜一的型态。然后沙罗将那个在THE ONE之后出现的生命体定名为“THE NEXT”。 真木在从东京被护送回BCST研究室的途中得知了亲小孩继梦入院的消息,在赶到医院后跟妻子蓉子再次的碰面了。现在,人类最大的危机出现了,在汲取了各式各样的生物进入体内而产生变异的THE ONE重返出现在新宿的街道上,从口中发出的的超绝火炎光弹将街道烧毁殆尽有恸的人格差不多被THE ONE取代,差不多成为不能变回为人的状态。只是那样的有恸往常与水原沙罗却是有着婚约的情侣为了沙罗心中的回忆,同时为了跟亲小孩继梦的约定,为了爱护心爱的家族,真木再次变身。那个姿态更加进化成巨大化40m,在间接部有像流血般的红色,两肘的特征是出现肘刀。现在,以新宿副市中心为舞台,ULTRAMAN与THE ONE的决战之火开始燃烧了!