哥斯拉突然从海底出现,于东海村登陆将市内的建筑物及发电厂完全破坏,尽管自队向哥斯拉展开猛烈攻击,但却完全阻止不了它前进。另一方面,危机治理情报局的官博士于茨城县的海沟发觉直径200米的古代陨石,後来陨石内的有机物质与哥斯拉相遇并自我进化成巨大怪兽奥加,而哥斯拉就与奥加在西新宿展开一场生死战。