200年前,超元世界的人类和来自其他世界的怪兽发生了战争。为了对抗强大的怪兽,人类发明了超元卡装置,将怪兽封印在超元卡中,结束了战争。主人公云天曾是一位热爱超元卡竞赛的青年,然而体质专门的他无法操纵好超元卡中的怪兽能量。一天,他意外从爸爸发掘的古遗迹中获得了一个奇妙的卡盒。云天决定前往寻寻4张传讲超元卡,希望用向超元卡许愿的方式寻回哥哥。就如此,云天告不了父母,踏上旅程