真壁一骑是个生长在对日本而言十分乡下的龙宫岛上的青年──对他来讲，像如此的和平是一般到不能在一般的状况。 但当由硅所构成的不明生物·异界体（Festum）开始攻击龙宫岛时，他才开始注意到他现在所拥有的和终生活只是只是个被制造出来的假象。 为了取回自己的和终生活，他和同伴开始一起搭乘人类所制造出来的巨大兵器·法夫那（Fafner）和异界体战斗── 在激战的彼端，等待着他的是……
